Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

La Terre est dévastée à la suite d'un conflit qui a eu lieu il y plusieurs centaines d'années.

Les pillards et la violence règnent sur le désert du Grand Kanto.

Devenu vampire malgré lui à la suite d’un événement surnaturel, Koyomi Araragi, bien que désormais guéri, conserve les stigmates de cette transformation. Sa vie, en apparence ordinaire, bascule de nouveau dans le paranormal lorsqu’il sauve in extremis Hitagi Senjôgahara d’une chute mortelle. À sa grande surprise, il découvre que celle-ci est aussi légère qu’une plume. Habituellement taciturne, la jeune fille le menace de représailles s’il ose divulguer son secret. Refusant de rester impassible face à ce phénomène, Koyomi lui propose alors de l’aider à le résoudre.

Yachi Haruaki, un jeune lycéen, reçoit un Cube Noir de la part de son père actuellement en voyage. Cette nuit-là, Yachi fut réveillé par d'étranges bruits provenant de la cuisine où il y fera la rencontre d'une voleuse entièrement nue mangeant des biscuits. Cette voleuse est la forme humaine du Cube Noir « maudit » au doux nom de Fear. Ensemble, ils vont essayer de lever la malédiction et lutter contre d'autres objets maléfiques voulant utiliser Fear pour de noirs desseins.

Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi.

Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi.

Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire.

Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…