Natsume Takashi a la capacité de voir des esprits, qu'il a longtemps gardé secrète. Cependant, une fois qu'il hérite d'un livre étrange qui appartenait à sa grand-mère décédée, Reiko, il découvre la raison pour laquelle les esprits l'entourent.

En 2046, la technologie a fait naître le Neuro-Linker (dernière évolution du Nerve-Gear apparaissant dans Sword Art Online), un système qui permet à l'utilisateur de manipuler ses cinq sens pour accéder à une réalité augmentée et rechercher des informations sur Internet, mais qui permet aussi d'entrer dans un univers virtuel sous la forme d'un avatar choisit. Le jeune Haruyuki Arita, petit, gros, timide, est le souffre-douleur d'une bande de loubards de son collège. Son seul refuge, là où il se sent libre et doué pour quelque chose, se trouve dans l'univers virtuel du réseau de l'établissement, où il est le meilleur joueur d'un jeu de squash… jusqu'au jour où la plus belle fille de son école vient l'y trouver et lui donne rendez-vous dans le monde réel pour discuter. Une rencontre qui va bouleverser la vie de Haruyuki. Elle lui apprend en effet l'existence du monde accéléré et lui partage une application, le Brain Burst, qui s'installe directement dans le Neuro-Linker, mais qui implique certaines contreparties… Une nouvelle aventure, en tant que Silver Crow, commence alors pour Haruyuki dans le monde accéléré de Brain Burst.

Dans une réalité parallèle où la population masculine est presque décimée, certains hommes sont choisis comme concubins de la shogun dans un pavillon interdit.

Dans un avenir proche, lors de recherches sur un site babylonien, Delphius, un scientifique va commettre un acte terroriste en déclenchant un pouvoir inconnu jusqu'alors. Ce qu'on appellera "Twin X" provoqua un orage magnétique couvrant la planète d'un ciel opaque, bloquant ainsi toute source d'électricité.

Quelques années plus tard, les deux enfants du scientifique, Kiyoko et Tatsuya, vont se retrouver convoiter par deux groupes dont l'enjeu est l'avenir du monde, la Comptesse de Werdenberg et ses ados aux pouvoirs télékinésiques et le mystérieux Gilgamesh.

Les Diclonius sont des mutants qui possèdent de terribles pouvoirs psychiques. Emprisonnés par le gouvernement, ils sont isolés et étudiés dans des laboratoires. Mais Lucy, l’une des plus terribles Diclonius, parvient à s’échapper en massacrant toute personne s’opposant à sa fuite. Au cours de son évasion, elle est touchée par une balle et perd la mémoire. Lucy est retrouvée par deux adolescents qui, ne connaissant rien de son passé sanguinaire, décident de l’accueillir en la renommant Nyu, le seul mot qu’elle puisse prononcer.

Mais l’envoi d’une unité d’assaut spéciale à sa recherche réveille partiellement la sauvagerie de Lucy, entraînant de nombreux massacres…

Au pays de Clow, la princesse Sakura, amoureuse du jeune Shaolan, succombe à un mal mystérieux qui brise son âme en mille éclats, éparpillés dans de multiples mondes parallèles. La vie de Sakura dépend désormais de Shaolan. Afin de la sauver, ce dernier pactise avec la mystérieuse Yuko, qui pourrait bien l'aider à retrouver les éclats d'âme…

Le jeune Hikaru découvre un jour dans le grenier de son grand-père un goban (plateau de go). L'objet se révèle hanté par un fantôme nommé Saï, ancien professeur de go de l'empereur sous l'ère Heian. Saï se retrouve piégé dans l'esprit d'Hikaru et lui donne peu à peu le goût du go. Se laissant guider dans ses débuts par Saï, Hikaru rencontre et vainc Akira, un jeune prodige. Dès lors, les deux jeunes garçons ne vont cesser de progresser et de se poursuivre.

Un jeune homme, Tatsuhiro Satō, a la particularité d'être un hikikomori depuis 3 ans. Pendant ce temps il réfléchit à tous ces échecs et en déduit que toutes ces années perdues sont dues a une conspiration menée par la chaîne de TV nationale, la NHK (Nihon Hōsô Kyōkai), dont le but serait de générer plein de hikikomori dans la société japonaise… Mais un jour, il rencontra une jeune fille Misaki Nakahara, qui veut l'aider à sortir de son état de hikikomori et l'enrôle au sein de son mystérieux « projet »…