Disparition est une histoire multi-générationnelle qui se déroule sur cinq décennies et sur quatre générations, se concentrant sur trois familles: les Keys, les Crawford et les Clarke. Le vétéran de la Seconde Guerre mondiale, Russel Keys, est tourmenté par des cauchemars concernant son enlèvement par des extraterrestres durant la guerre; l'incident de Roswell transforme Owen Crawford de l'ambitieux capitaine de Air Force en conspirateur démoniaque du gouvernement ; Sally Clarke, mariée, mère de deux enfants et malheureuse, est mise enceinte par un extraterrestre. Alors que les décennies s'écoulent, chaque héritier de la famille est victime des machinations des extraterrestres, dont l'apogée est la naissance d'Allie Keys, produit final des expériences des extraterrestres, qui tient leurs destins entre ses mains.

Fiancé à la jolie et riche Adèle Invergordon, champion de golf et enfant prodige de Savannah, Rannulph Junuh est envoyé au front pendant la première guerre mondiale. À l'Armistice, Junuh rentre chez lui en silence, sans annoncer son retour et refusant de parler avec qui que ce soit alors que tout le monde chez lui, le croit mort. C'est Harvey Greaves, enfant admirateur de Junuh, qui dévoile le retour du héros. Pour la jeune Adèle, le choc est terrible. Pour faire sortir Junuh de sa retraite, Adèle décide alors de le confronter aux deux plus grands joueurs de golf de l'époque : Bobby Jones et Walter Hagen. Mais Junuh ne veut pas entendre parler de cette rencontre, jusqu'à l'arrivée de Bagger Vance.