L'histoire suit les aventures d'un jeune garçon nommé Sacha dont le but est de devenir un jour Maître Pokémon. Pour cela, il va faire connaissance d'un Pikachu à très mauvais caractère au début, mais qui va vite devenir par la suite son meilleur ami. Sacha va aussi rencontrer d'autres dresseurs avec qui il partagera ses aventures. Lors de son voyage dans plusieurs régions, il va devoir continuer à progresser pour découvrir de nouveaux Pokémon et peut-être les capturer. Et avec ces derniers comme amis, il va aussi devoir affronter des groupes de bandits, surtout la Team Rocket. Mais il va aussi faire face à d'autres personnes malintentionnées. Heureusement, Sacha peut compter sur ses amis pour l'aider. Ensemble et parfois avec d'autres personnages en plus, la grande quête leur réservera bien des surprises...

Après une guerre nucléaire, des catastrophes naturelles et des échecs politiques, une révolution conduit à l'effondrement du Japon. Le pays se divise alors en trois nations : l'ère Sangoku a commencé. Aoteru Misumi, ancien régisseur agricole, jure de réunifier le Japon. Il gravit les échelons grâce à son savoir et son éloquence. Découvrez la légende de l'homme qui deviendra un stratège de génie.

Frappé d'amnésie, Caïman s'associe à son amie Nikaïdo pour tuer le mage qui l'a transformé en reptile. Dans la cité de Hole, c'est une déclaration de guerre.