Riki est un jeune orphelin qui a perdu ses parents lorsqu'il était encore enfant. Mais un groupe composé de trois garçons et d'une fille, les Little Busters va l'aider. Le chef de ce groupe est Kyõsuke Natsume qui a une petite soeur faisant également partie du groupe, Rin. Les autres membres sont Masato Inohara et Kengo Miyazawa. A force de jouer avec eux, Riki fut accepté et reconnu en tant que membre du Little Busters, jusqu'à en presque oublier la mort de ses parents. Désormais, les Little Busters sont en deuxième année de lycée, sauf le chef qui est en troisième année, et sont toujours ensembles profitant de leur vie scolaire…

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Arimiya Kamoshige, un politicien malveillant, est gouverneur local depuis 40 ans. En abusant de son pouvoir, il a gagné des richesses et des femmes. Le père du protagoniste a géré l'argent noir d'Arimiya comme un bras droit, mais plus tard, il a été expulsé, accusé de faux crimes. Il s'est découragé et a appelé son fils en fuite, Tatsuya. Il a demandé à Tatsuya de prendre sa revanche sur Kamoshige. Bientôt, son père est mort et Kamoshige a engagé Tatsuya comme troisième secrétaire. Cependant, Kamo meurt également trois mois plus tard. Juste avant sa mort, il a changé le code d'un coffre-fort qui contient de l'argent noir caché. Ensuite, l'équilibre des pouvoirs de la famille Arimiya a changé. La personne qui obtient l'argent caché deviendra le prochain dirigeant. Alors que la famille Arimiya est en conflit pour l'argent caché, Tatsuya commence sa vengeance.