En l'an 0079 du Siècle Universel, les colonies spatiales du Duché de Zeon revendiquent leur indépendance. Elles attaquent la Fédération Terrienne, fortes d'un nouveau prototype d'armes, les Mobile Suit. Tandis que la guerre fait rage, la Fédération prépare la riposte dans le plus grand secret, sur une colonie éloignée. Mais celle-ci subit une attaque surprise de Zeon et pour éviter que ces nouvelles armes ne tombent aux mains de l'ennemi, un équipage improvisé engage le combat, formé de jeunes recrues militaires, mais aussi de civils.