Dans un monde régi par la magie, Yuno et Asta ont grandi ensemble avec un seul but en tête : devenir le prochain Empereur-Mage du royaume de Clover. Mais si le premier est naturellement doué, le deuxième, quant à lui, ne sait pas manipuler la magie. C'est ainsi que lors de la cérémonie d'attribution de leur grimoire, Yuno reçoit le légendaire grimoire au trèfle à quatre feuilles tandis qu'Asta, lui, repart bredouille. Or, plus tard, un ancien et mystérieux ouvrage noir décoré d'un trèfle à cinq feuilles surgit devant lui ! Un grimoire d’anti-magie…

En 2013, à la suite de la dernière grande guerre, la majeure partie de la surface habitable disparut et, de ce fait, les armements militaires furent interdits. Ce fut le traité de Babylone qui organisa une seule entité indépendante pour gouverner les six régions restantes. Shion habite dans une de ces régions très contrôlées et hiérarchisées, appelée No. 6. Il fait partie de la future élite de la ville et suit un enseignement spécial depuis l'âge de deux ans. Une nuit, il sauve un garçon surnommé le Rat (Nezumi), qui a échappé à la police de sécurité. À partir de ce moment-là, la vie de Shion prend un tournant radical et ne sera plus jamais la même.