En l'an 0079 du Siècle Universel, les colonies spatiales du Duché de Zeon revendiquent leur indépendance. Elles attaquent la Fédération Terrienne, fortes d'un nouveau prototype d'armes, les Mobile Suit. Tandis que la guerre fait rage, la Fédération prépare la riposte dans le plus grand secret, sur une colonie éloignée. Mais celle-ci subit une attaque surprise de Zeon et pour éviter que ces nouvelles armes ne tombent aux mains de l'ennemi, un équipage improvisé engage le combat, formé de jeunes recrues militaires, mais aussi de civils.

A la fin du 20ème siècle, de grands travaux sont entrepris à Tokyo. Compte tenu de leurs ampleurs, de nouvelles machines font leur apparition, celle ci sont appelées communément "labor". Cependant certains pilotes détournent celles ci de leurs fonctions premières. Pour faire faces a cette nouvelles menaces. Des brigades de police sont alors équipées de labors policier. Kido Keisatsu Patlabor nous conte l'histoire de la 2nde brigade, au sein de laquelle on retrouve une jeune équipe sympathique menée par la dynamique Elodie (Noa) et des nouveaux labors qui nous en feront voir de toutes les couleurs...