Au XVIIe siècle, Jean-Baptiste Grenouille, orphelin solitaire et malade, devient un jeune homme à part grâce à un don unique : son odorat. Il parvient à se faire embaucher comme apprenti chez les maîtres parfumeurs de Paris, pour qui il compose des chefs-d'oeuvre olfactifs. Cependant, son but ultime est la mise au point de la fragrance idéale, qui lui permettrait de séduire instantanément tous ceux qui le croiseraient.

En l’an 1327, dans une abbaye bénédictine, des moines disparaissent. Un franciscain, Guillaume de Baskerville, mène l’enquête, aidé du jeune novice Adso von Melk. C’est l’époque où l’Église, en pleine crise, se voit disputer son pouvoir spirituel et temporel. C’est aussi l’apogée de l’Inquisition.