Dans le village de Konoha vit Naruto, un jeune garçon détesté et craint des villageois du fait qu'il détienne en lui Kyuubi (démon renard à neuf queues) d'une incroyable force, qui a tué un grand nombre de personnes. Le ninja le plus puissant de Konoha à l'époque, le quatrième Hokage, Minato Namikaze, réussit à sceller ce démon dans le corps de Naruto. Malheureusement il y laissa la vie.

C'est ainsi que douze ans plus tard, Naruto rêve de devenir le plus grand Hokage de Konoha afin que tous le reconnaissent à sa juste valeur. Mais la route pour devenir Hokage est très longue et Naruto sera confronté à un bon nombre d'épreuves et devra affronter de nombreux ennemis pour atteindre son but !

Un jeune lycéen, Yuuji Sakai, voit le monde se figer autour de lui alors qu'il rentrait tranquillement de l'école. Apparaissent alors 2 monstres dévorant les gens, comme suspendus dans le temps, autour de Yuuji. Alors que le monstre s'intéresse à cet humain qui peut encore se déplacer, une jeune fille à l'aura de feu, une Flame haze, apparaît et tranche la Rinne, ainsi que Yuuji. Celui-ci découvre alors qu'il est déjà décédé et a été remplacé par une torche, une âme temporaire de substitution. L'amie qui l'accompagnait, Hirai, se révèle avoir été remplacée par une torche à la fin de ce combat. Celle-ci sombre peu à peu dans l'oubli collectif puis disparaît au bout de quelques jours, Shana ayant assisté à son évaporation récupéra un peu de sa flamme et prit sa place dans le monde des humains, depuis ses camarades de classe l'appelent Hirai sans avoir remarqué quelque différence avec la précédente Hirai. Paradoxalement, l'existence de Yuuji persiste. Shana, la Flame haze, doit alors veiller sur lui malgré son ennui car il s'agit d'un Mistes, renfermant un pouvoir puissant, un hougu du nom de Reiji Maigo, lui permettant de rallumer sa torche toutes les 24 heures, à minuit. De ce fait, son intégration à la classe de Yuuji l'aide fortement à être à ses côtés en permanence, elle se révèle également très intelligente et terrorise certains de ses professeurs. Yuuji, désormais certain de ne plus disparaître, décide de l'aider activement dans sa lutte contre les Tomogara no Guze, seigneurs d'un monde parallèle dont une partie utilise la force vitale des humains pour gagner en pouvoir.