Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans...

Mangaka raté et livreur de pizza par dépit, Satoru Fujinuma possède sans pouvoir l’expliquer la capacité exceptionnelle de pouvoir agir sur le temps. A chaque fois qu’un incident croise sa route, il se retrouve projeté quelques instants dans le passé, implicitement afin d’empêcher que l’inévitable ne se produise. D’un naturel effacé et peu sûr de lui, c’est avec une attitude résignée qu’il aborde son quotidien et son pouvoir qu’il vit comme une malédiction. De rencontres perturbantes en événements dramatiques, Satoru va replonger de plus en plus loin vers une enfance traumatisante qu’il avait fait le choix d’éloigner de sa mémoire ...

Shizuku est une jeune collégienne de quatorze ans comme toutes les autres, mais elle est passionnée de littérature et elle écrit des chansons. C’est l’été à Tokyo, et elle a décidé de lire, pendant les vacances, une vingtaine de livres. Elle découvre qu’à chacun des romans qu’elle a choisis, le nom de Seiji Amasawa apparaît sur la liste des personnes les ayant empruntés. Shizuku rencontre enfin ce Seiji.