L'histoire est centrée sur trois jeunes lycéens qui vivent dans la petite ville reculée de Suiten, au nord de l'île de Kyushu, et qui partagent une étrange amnésie. En 1996, Tarō Komori et sa sœur Mizuka ont été enlevés à la sortie de l'école alors qu'ils étaient enfants. Si Tarō a pu être retrouvé vivant, Mizuka n'a pas eu cette chance et est morte de faim et de déshydratation, la police retrouvant finalement leur trace dans un hôpital abandonné. Toujours perturbé par cette douloureuse expérience onze ans plus tard, Tarō cherche cependant à comprendre ce qui s'est passé pendant qu'il était séquestré. Il semble également que deux élèves (Masayuki et Makoto) de son école et une jeune écolière (Miyako) soient liés à lui pour différentes raisons. À la suite d'un accident, la frontière entre le monde des esprits et celui des humains commence à disparaître, ouvrant la voie aux fantômes et autres divinités. Les trois garçons partageront alors ensemble une expérience hors du commun : la projection astrale qui leur permet de « sortir de leur corps ». Une nouvelle vision du monde où les esprits vagabondent s'ouvre ainsi à eux. Mais parviendront-ils à rétablir le fragile équilibre ?

Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…