La journée avait mal commencé pour Ryû Yamada, qui s'est fait remonter les bretelles par son professeur. Un peu plus tard, il tombe dans les escaliers, entraînant dans sa chute la belle Urara Shiraishi. Dans l'action, ils se donnent même un baiser fortuit, et voilà qu'à présent, les deux lycéens ont échangé leur corps ! Avec deux personnalités aussi opposées, cela ne pouvait pas tomber plus mal. Et ce n'est que le début des ennuis pour Yamada qui va aller de surprise en surprise…

Au pays de Clow, la princesse Sakura, amoureuse du jeune Shaolan, succombe à un mal mystérieux qui brise son âme en mille éclats, éparpillés dans de multiples mondes parallèles. La vie de Sakura dépend désormais de Shaolan. Afin de la sauver, ce dernier pactise avec la mystérieuse Yuko, qui pourrait bien l'aider à retrouver les éclats d'âme…

Un jeune homme, Tatsuhiro Satō, a la particularité d'être un hikikomori depuis 3 ans. Pendant ce temps il réfléchit à tous ces échecs et en déduit que toutes ces années perdues sont dues a une conspiration menée par la chaîne de TV nationale, la NHK (Nihon Hōsô Kyōkai), dont le but serait de générer plein de hikikomori dans la société japonaise… Mais un jour, il rencontra une jeune fille Misaki Nakahara, qui veut l'aider à sortir de son état de hikikomori et l'enrôle au sein de son mystérieux « projet »…