Sur les traces du meurtrier de son père, Ryûko Matoi, 17 ans, arrive dans une ville dominée par l’académie Honnôji, un institut d’élite placé sous le joug de Satsuki Kiryûin, présidente du conseil des élèves. La jeune fille découvre un système méritocratique, où les uniformes Goku, dotés de pouvoirs surnaturels, assurent à leurs porteurs une domination absolue. Transférée dans cet établissement et armée du « Scissor Blade » et vêtue de Senketsu, son uniforme aux pouvoirs sanguinaires, Ryûko s’érige en tant qu’unique opposante à ce régime tyrannique. Perçue désormais comme une menace par la direction, elle décide de défier Satsuki, dans l’espoir de faire la lumière sur les événements passés.

Dans le village de Konoha vit Naruto, un jeune garçon détesté et craint des villageois du fait qu'il détienne en lui Kyuubi (démon renard à neuf queues) d'une incroyable force, qui a tué un grand nombre de personnes. Le ninja le plus puissant de Konoha à l'époque, le quatrième Hokage, Minato Namikaze, réussit à sceller ce démon dans le corps de Naruto. Malheureusement il y laissa la vie.

C'est ainsi que douze ans plus tard, Naruto rêve de devenir le plus grand Hokage de Konoha afin que tous le reconnaissent à sa juste valeur. Mais la route pour devenir Hokage est très longue et Naruto sera confronté à un bon nombre d'épreuves et devra affronter de nombreux ennemis pour atteindre son but !

L'histoire consiste en une succession de deux personnes qui viennent d’atterrir dans un bar à l’ambiance sombre. Sans méfiance, ils ne savent pas encore qu'ils sont entrés dans un jeu mortel. En effet, ils ne savent absolument plus comment ils ont atterris ici… Decim, le barman, et son assistante leur expliquent alors qu’il va falloir qu'ils jouent à un jeu de bar (fléchettes, bowling, billards, etc.) et mettre leur vie en jeu afin de peut-être comprendre ce qui leur est arrivé.