Après s'être aventurés dans un lieu sacré interdit, les deux frère et sœur Hinata et Kaoru rencontrent un dieu serpent leur promettant mille tourments. Mais derrière son apparence terrifiante, ils découvrent une créature maladroite, solitaire et étonnamment adorable.

Aussi farfelu qu’absurde, « Nichijou » s’attache à suivre les péripéties quotidiennes de six personnages haut en couleur au sein de la ville de Tokisadame. Ainsi, le quotidien du trio de lycéennes Yûko Aioi, Mio Naganohara et Mai Minakami se retrouve inextricablement lié à celui de la talentueuse scientifique Hakase Shinonome, accompagnée de son robot Nano et de leur chat Sakamoto, doué de parole.