Les Cylons reviennent après quarante ans d'absence pour exterminer la race humaine. Ils prennent les Douze Colonies au dépourvu en les bombardant toutes simultanément à l'aide d'armes nucléaires. La quasi-totalité des Douze Colonies est anéantie.

L'agent Ethan Hunt doit récupérer et détruire un virus mortel, baptisé « la Chimère », qui a été dérobé par son ancien collègue Sean Ambrose. Ce dernier détient l'antidote et se terre dans un laboratoire de Sydney. Pour infiltrer son quartier général hautement sécurisé, Hunt et son assistant Luther Stickell tentent d'approcher Nyah Hall, l'ancienne petite amie de Sean.