Dans un avenir proche, lors de recherches sur un site babylonien, Delphius, un scientifique va commettre un acte terroriste en déclenchant un pouvoir inconnu jusqu'alors. Ce qu'on appellera "Twin X" provoqua un orage magnétique couvrant la planète d'un ciel opaque, bloquant ainsi toute source d'électricité.

Quelques années plus tard, les deux enfants du scientifique, Kiyoko et Tatsuya, vont se retrouver convoiter par deux groupes dont l'enjeu est l'avenir du monde, la Comptesse de Werdenberg et ses ados aux pouvoirs télékinésiques et le mystérieux Gilgamesh.

Dans le village de Konoha vit Naruto, un jeune garçon détesté et craint des villageois du fait qu'il détienne en lui Kyuubi (démon renard à neuf queues) d'une incroyable force, qui a tué un grand nombre de personnes. Le ninja le plus puissant de Konoha à l'époque, le quatrième Hokage, Minato Namikaze, réussit à sceller ce démon dans le corps de Naruto. Malheureusement il y laissa la vie.

C'est ainsi que douze ans plus tard, Naruto rêve de devenir le plus grand Hokage de Konoha afin que tous le reconnaissent à sa juste valeur. Mais la route pour devenir Hokage est très longue et Naruto sera confronté à un bon nombre d'épreuves et devra affronter de nombreux ennemis pour atteindre son but !