Oyamada Kouta est un garçon très banal qui se rend à son nouveau lycée pour son premier jour quand tout à coup il se fait aborder par Chizuru Minamoto qui est la plus belle fille de l'école. Elle lui demande de sortir avec, Kouta se demande pourquoi lui, qui est elle réellement et pourquoi elle se fait passer pour une lycéenne...

Un jeune lycéen, Yuuji Sakai, voit le monde se figer autour de lui alors qu'il rentrait tranquillement de l'école. Apparaissent alors 2 monstres dévorant les gens, comme suspendus dans le temps, autour de Yuuji. Alors que le monstre s'intéresse à cet humain qui peut encore se déplacer, une jeune fille à l'aura de feu, une Flame haze, apparaît et tranche la Rinne, ainsi que Yuuji. Celui-ci découvre alors qu'il est déjà décédé et a été remplacé par une torche, une âme temporaire de substitution. L'amie qui l'accompagnait, Hirai, se révèle avoir été remplacée par une torche à la fin de ce combat. Celle-ci sombre peu à peu dans l'oubli collectif puis disparaît au bout de quelques jours, Shana ayant assisté à son évaporation récupéra un peu de sa flamme et prit sa place dans le monde des humains, depuis ses camarades de classe l'appelent Hirai sans avoir remarqué quelque différence avec la précédente Hirai. Paradoxalement, l'existence de Yuuji persiste. Shana, la Flame haze, doit alors veiller sur lui malgré son ennui car il s'agit d'un Mistes, renfermant un pouvoir puissant, un hougu du nom de Reiji Maigo, lui permettant de rallumer sa torche toutes les 24 heures, à minuit. De ce fait, son intégration à la classe de Yuuji l'aide fortement à être à ses côtés en permanence, elle se révèle également très intelligente et terrorise certains de ses professeurs. Yuuji, désormais certain de ne plus disparaître, décide de l'aider activement dans sa lutte contre les Tomogara no Guze, seigneurs d'un monde parallèle dont une partie utilise la force vitale des humains pour gagner en pouvoir.

Les Butei sont connus comme étant des détectives armés entraînés dans une école spéciale, portant le même nom qu'eux. 

Tohyama Kinji est un étudiant de ce lycée, que l'on pourrait qualifier de banal à première vue. Mais il ne faut surtout pas se fier aux apparences, car celui-ci veut tout simplement faire en sorte de vivre le plus calmement et le plus normalement possible. En réalité, il veut cacher aux autres élèves que son corps possède un pouvoir assez particulier; ce corps peut passer en super-mode lorsqu'il s'avère stimulé par une certaine chose. 

Cependant, lors d'un soudain attentat à la bombe, il fait la rencontre d'Aria H. Kanzaki, une lycéenne de la section d'élite de Butei. Et à partir de ce moment, sa vie ne sera peut-être pas aussi tranquille qu'il ne l'aurait espéré…

Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur… Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques…