Fox Mulder est un agent du FBI. Attiré par les phénomènes paranormaux et les croyances parfois irrationnelles, il s'intéresse aux affaires non classées, certaines relevant du paranormal. On lui adjoint une partenaire, Dana Scully, médecin et beaucoup plus adepte de la logique cartésienne. Mulder, obsédé par la disparition de sa sœur, est persuadé qu'elle a été enlevée par des aliens. Les deux agents vont ainsi entrevoir les grandes lignes de complots et autres théories de la conspiration…

Une gigantesque météorite s'écrase quelque part dans le désert de l'Arizona, apportant avec elle les germes d'une vie extraterrestre protéiforme. Un certain Ira Kane, accompagné de son meilleur ami, Harry Block, tente de protéger cette découverte des ambitions de l'armée, vite alertée. Ils se heurtent à Allison Reed, épidémiologiste gouvernementale qui entend bien les écarter des lieux. Mais au final, tous devront s'unir pour combattre les nouvelles et étranges formes de vie qui se reproduisent rapidement...