En 2046, la technologie a fait naître le Neuro-Linker (dernière évolution du Nerve-Gear apparaissant dans Sword Art Online), un système qui permet à l'utilisateur de manipuler ses cinq sens pour accéder à une réalité augmentée et rechercher des informations sur Internet, mais qui permet aussi d'entrer dans un univers virtuel sous la forme d'un avatar choisit. Le jeune Haruyuki Arita, petit, gros, timide, est le souffre-douleur d'une bande de loubards de son collège. Son seul refuge, là où il se sent libre et doué pour quelque chose, se trouve dans l'univers virtuel du réseau de l'établissement, où il est le meilleur joueur d'un jeu de squash… jusqu'au jour où la plus belle fille de son école vient l'y trouver et lui donne rendez-vous dans le monde réel pour discuter. Une rencontre qui va bouleverser la vie de Haruyuki. Elle lui apprend en effet l'existence du monde accéléré et lui partage une application, le Brain Burst, qui s'installe directement dans le Neuro-Linker, mais qui implique certaines contreparties… Une nouvelle aventure, en tant que Silver Crow, commence alors pour Haruyuki dans le monde accéléré de Brain Burst.

L'anime suit l'histoire d'un jeune étudiant anonyme pris dans une boucle temporelle lui faisant revivre ses deux années d'université. À chacune de celles-ci il rejoint un club différent pour tenter de vivre de manière insouciante et de trouver l'amour, sans y arriver…

Mahiro et Yoshino sont amis d’enfance. Lorsque la famille de Mahiro est assassinée, la vengeance devient sa seule raison de vivre. Il va découvrir un vecteur puissant pour assouvir sa soif de justice : la magie. L’univers dans lequel les deux amis évoluent n’est pas celui qu’ils croyaient. Des forces sont à l’œuvre dans l’ombre, essayant de ramener à la vie un arbre sacré aux pouvoirs destructeurs, semant chaos et désolation. Investis par les pouvoirs de la puissante sorcière Hakaze, Mahiro et Yoshino tentent de sauver le monde. Mais leurs motivations diffèrent...

Nous sommes le 12 août. Après que la télécommande de son unique climatiseur a été détruite par inadvertance, "Je" élabore un plan pour retourner dans le passé de 24 heures avec une machine à remonter le temps, afin de récupérer la télécommande avant qu'elle ne se casse. Cependant, son ami Ozu ne peut résister à l'envie de jouer avec les événements passés, même si cela risque de détruire l'univers. "Je" doit se lancer dans une course contre la montre pour éviter la catastrophe.

Alors que Tokyo est envahie par des créatures amatrices de chair fraîche à l'apparence humaine, Ken, mi-homme mi-goule se retrouve coincé entre deux mondes.