Années 1910, Kodô Iwamoto est élève au collège Seihô, un établissement sous tutelle de l'armée. Sur ordre de sa hiérarchie, il se rend aux quatre coins du Japon pour enquêter sur des phénomènes surnaturels. Dans un village où tombe une étrange « neige noire », il fait la connaissance de Shizuma, un adolescent aux aptitudes mystérieuses. Le jeune homme considère ses dons comme une malédiction et ignore leur véritable potentiel, mais Iwamoto lui révèle alors qu'ils partagent tous deux un lien particulier, avant de lui remettre une lettre de recommandation pour le collège Seihô.

Le sort du monde se joue lorsque s’affrontent le Maître des corps, un démon nécromancien ayant accumulé une puissance incommensurable, et un légendaire chevalier sacré. Mais, au dernier moment, le monstre use d’un mystérieux arcane magique qui enveloppe le héros d’une étrange lumière. À travers l'espace et le temps, un garçon nommé Polka Shinoyama se réveille en ne se sentant pas tout à fait lui-même… Qui pouvait s’attendre à ce que l’issue de la confrontation se déroule de cette façon ?