Roger Smith, est un négociateur professionnel travaillant à Paradygm City, une ville sans passé depuis quarante ans. Roger Smith vit donc dans ce monde chaotique. Ancien lieutenant de la police militaire, il est l'homme le plus puissant de cette confrérie très spéciale : les Négociateurs. Avec l'aide d'une androïde, Dorothy, et de son vieil ami Dan Dastun, il use notamment de divers moyens technologiques. Mais son atout le plus précieux est sans aucun doute le MegaDeus, un robot géant, servant de dernier recours au cas où les négociations tourneraient mal…

La ville de Lux, construite dans les profondeurs de la Terre, est devenue « une cité abandonnée » depuis que la surface l'a oubliée. Ses habitants y vivent dans la peur et le désespoir tandis que les gangs dirigent la ville. Ceux-ci contrôlent également la « Texhnolyze », une technologie qui permet de remplacer les membres du corps humain par des prothèses cybernétiques. Le destin de ce monde va se jouer entre quatre personnages : Ohnishi, le caïd de la ville, Ran, une jeune fille aux pouvoirs de divination, Yoshi, un mystérieux visiteur et Ichise, un boxeur mutilé. La « Texhnolyze » les sauvera-t-elle ou les mènera-t-elle à leur destruction ?

Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur… Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques…