Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

Devenu vampire malgré lui à la suite d’un événement surnaturel, Koyomi Araragi, bien que désormais guéri, conserve les stigmates de cette transformation. Sa vie, en apparence ordinaire, bascule de nouveau dans le paranormal lorsqu’il sauve in extremis Hitagi Senjôgahara d’une chute mortelle. À sa grande surprise, il découvre que celle-ci est aussi légère qu’une plume. Habituellement taciturne, la jeune fille le menace de représailles s’il ose divulguer son secret. Refusant de rester impassible face à ce phénomène, Koyomi lui propose alors de l’aider à le résoudre.

Se réveillant dans l’au-delà sans le moindre souvenir de sa vie antérieure, un adolescent rencontre un groupe de lycéens qui luttent contre un système qui semble vouloir les faire disparaître. Persuadés que la réincarnation efface leur existence, leur opposition se cristallise autour de l’« Ange », une élève représentant l’ordre établi. Tandis que le jeune garçon tente de comprendre les règles de ce monde, il se retrouve progressivement confronté aux blessures que ses nouveaux camarades essaient de dissimuler.

Le jeune lycéen Kusuo Saiki a juré, enfant, de garder secrets ses dons surnaturels, mais ses pouvoirs ne lui rendent pas la vie facile.

Nozomu Toshiki est un professeur de lycée très pessimiste dont même les kanji de son nom forment le mot désespoir. C'est en tentant de se suicider en se pendant à une branche de cerisier qu'il rencontre Kafuka Fura, une jeune fille au caractère totalement opposé au sien. Celle-ci, le "sauve" en quelque sorte et lui explique qu'il ne faut pas se suicider en un si beau jour de printemps. D'une naïveté et d'un optimisme débordant elle croit même que, comme ses parents, Nozomu n'a pas tenté de se pendre mais plutôt de se faire grandir et lui donne le nom de "Sous-chef Rose". Exaspéré par cette fille au point de vue si différent du sien, Nozomu s'en va, renonçant pour un temps à se suicider mais il n'est pas au bout de ses surprises car c'est en classe qu'il retrouve Kafuka qui se révèle être une de ses élèves. Mais Kafuka n'est pas si différente de ses camarades, et le professeur désespéré va devoir faire cours à des élèves très spéciaux...