Au milieu de la vie frénétique de Tokyo, la créatrice d'un personnage à la mode (le chien Maromi) est agressée devant chez elle par un jeune garçon portant une casquette, des rollers et une batte de base-ball dorés.

Deux inspecteurs de police, l'un jeune et enthousiaste, son aîné plus blasé, mènent leur enquête pendant que de nouvelles agressions ont lieu, toujours par celui que l'on nomme "le jeune homme à la batte". Alors que les victimes ne semblent posséder aucun lien entre elles, la paranoïa s'installe au sein de la population de la capitale...

Arimiya Kamoshige, un politicien malveillant, est gouverneur local depuis 40 ans. En abusant de son pouvoir, il a gagné des richesses et des femmes. Le père du protagoniste a géré l'argent noir d'Arimiya comme un bras droit, mais plus tard, il a été expulsé, accusé de faux crimes. Il s'est découragé et a appelé son fils en fuite, Tatsuya. Il a demandé à Tatsuya de prendre sa revanche sur Kamoshige. Bientôt, son père est mort et Kamoshige a engagé Tatsuya comme troisième secrétaire. Cependant, Kamo meurt également trois mois plus tard. Juste avant sa mort, il a changé le code d'un coffre-fort qui contient de l'argent noir caché. Ensuite, l'équilibre des pouvoirs de la famille Arimiya a changé. La personne qui obtient l'argent caché deviendra le prochain dirigeant. Alors que la famille Arimiya est en conflit pour l'argent caché, Tatsuya commence sa vengeance.

Les frères Elric (Edward et Alphonse) ont hérité leur talent d’alchimiste de leur père qui a quitté le foyer familial sans jamais revenir.

À la suite de la mort de leur mère, les deux jeunes tentent de la faire revivre grâce à l'alchimie, en faisant une transmutation humaine malgré l'interdit. L'opération échoue et les deux frères en subissent le contrecoup… Al disparaît et Ed perd sa jambe mais sauve son frère privé de son corps en fixant son esprit dans le corps en métal d'une armure médiévale avec un cercle de transmutation tracé avec son sang, mais doit pour cela sacrifier un bras. Par la suite, il utilisera des prothèses mécaniques en métal, les mécagreffes (1er doublage) ou automails (second doublage).

Ed passe ensuite l'examen et devient Alchimiste d'État, afin de pouvoir voyager et trouver la pierre philosophale, pour que son frère et lui retrouvent leur corps.