Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

Lorsqu'il apprend que Ushio, son amie d'enfance, est décédée, Shimpei décide de retourner sur son île natale, Hitogashima. Là-bas, il se rend vite compte que quelque chose ne tourne pas rond...

S'il s'agissait d'une mort accidentelle, pourquoi une autopsie a-t-elle été réalisée ? Qu'a bien pu voir Mio, la petite sœur d'Ushio ? Mais avant de pouvoir répondre à ses questions, Shimpei et Mio sont assassinés par un double de cette dernière...

Et voilà que Shimpei se réveille à nouveau sur le bateau qui le conduit à Hitogashima pour assister à l'enterrement d'Ushio...

Yuru, le chasseur, vit séparé de sa sœur jumelle Asa, enfermée dans une prison pour satisfaire un rituel. Tous deux ignorent la vérité sur leur naissance et lorsque leur paisible village est attaqué par de mystérieux ennemis, Yuru découvre qu’il peut commander un puissant duo de créatures appelé « Tsugai ».

Yuri Katsuki portait sur ses épaules tous les espoirs du Japon pour remporter le Grand Prix de patinage artistique, mais il y a subi une écrasante défaite. Il retourne dans sa ville natale et songe alors à prendre sa retraite, malgré une persistante envie de patiner. Un jour, le quintuple champion du monde Viktor Nikiforov, accompagné d’un jeune russe, Yuri Plisetsky, vient le trouver pour qu’il reprenne la compétition…

Nishimiya est une élève douce et attentionnée. Chaque jour, elle est harcelée par Ishida, car elle est sourde. Dénoncé pour son comportement, le garçon est à son tour mis à l’écart et renvoyé de l’école… Des années plus tard, il apprend la langue des signes… et part à la recherche de la jeune fille.