Rongée par la jalousie en ayant perdu les faveurs du prince héritier qui lui préfère Reirin, Keigetsu a recours à une magie interdite pour échanger son corps avec celui de la bien-aimée. Mais elle récupère ainsi un corps à la santé fragile et se retrouve à l’article de la mort. Pendant ce temps, Reirin, qui porte désormais le visage d’une paria, doit répondre des crimes de Keigetsu...

Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur… Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques…