2029, un Japon du futur proche. Le cyborg Motoko Kusanagi envisage une unité de lutte contre les menaces émergentes. Daisuke Aramaki recrute son équipe et forme la Section 9 de la Sécurité publique, alias l'« Unité spéciale ». Un complot se dessine et un hacker émerge : le « Marionnettiste ». Que réserve l'avenir à Kusanagi ? Que veut ce hacker ? Une nouvelle ère d'action cyberpunk commence !

Après le décès de sa mère, Ren, 9 ans, refuse de vivre avec sa famille éloignée et prend la fuite. À la nuit tombée, alors qu’il arpente seul les rues du quartier de Shibuya, il est interpellé par un étrange personnage encapuchonné… Sous la cape se cache Kumatetsu, une bête au corps imposant et aux dents aiguisées venue d’un univers parallèle au nôtre. Transporté dans ce monde fantastique peuplé de bêtes étranges, le jeune garçon va se retrouver à son insu disciple de cet ours tumultueux ! Il devra désormais apprendre à composer avec son nouveau maître au tempérament… bestial !