Simon et Kamina vivaient dans un petit village souterrain, lorsque l'apparition soudaine d'un robot gigantesque, appelé un « Ganmen », et celle de Yoko, une ravissante jeune fille armée d'un puissant fusil à supraconduction, brisa leur routine quotidienne. Ils attaquèrent et détruisirent le robot ennemi. Leur élan les propulsa vers la surface d'un univers inconnu rempli de dangers et d'aventures. Dans ce monde nouveau, nos héros devront s'élever contre la tyrannie que Lord Genome, surnommé le Roi Spirale, impose sur la race humaine. Leur lutte traversera les époques et sera pleine de sacrifices. C'est l'histoire d'un homme qui ignorait encore le tournant qu'allait prendre sa propre destinée !

L'histoire est centrée sur trois jeunes lycéens qui vivent dans la petite ville reculée de Suiten, au nord de l'île de Kyushu, et qui partagent une étrange amnésie. En 1996, Tarō Komori et sa sœur Mizuka ont été enlevés à la sortie de l'école alors qu'ils étaient enfants. Si Tarō a pu être retrouvé vivant, Mizuka n'a pas eu cette chance et est morte de faim et de déshydratation, la police retrouvant finalement leur trace dans un hôpital abandonné. Toujours perturbé par cette douloureuse expérience onze ans plus tard, Tarō cherche cependant à comprendre ce qui s'est passé pendant qu'il était séquestré. Il semble également que deux élèves (Masayuki et Makoto) de son école et une jeune écolière (Miyako) soient liés à lui pour différentes raisons. À la suite d'un accident, la frontière entre le monde des esprits et celui des humains commence à disparaître, ouvrant la voie aux fantômes et autres divinités. Les trois garçons partageront alors ensemble une expérience hors du commun : la projection astrale qui leur permet de « sortir de leur corps ». Une nouvelle vision du monde où les esprits vagabondent s'ouvre ainsi à eux. Mais parviendront-ils à rétablir le fragile équilibre ?

Aux confins de l'espace, la planète Ursinia a explosé. Pour une raison mystérieuse, tous les ours vivant sur Terre se sont subitement mis à attaquer les humains. Pour mettre fin à ce conflit, un mur gigantesque a été élevé afin de séparer les deux espèces. Nous sommes du côté « humain » du mur. Une jeune fille, Kureha Tsubaki, fait la connaissance de Ginko Yurishiro, une nouvelle camarade de classe. Cependant, le sommeil de Kureha est agité d'étranges rêves dans lesquels Ginko se révèle être un ours. Dès lors, elle commence à se méfier de cette nouvelle élève...

Iruma Sullivan, 14 ans, est un jeune humain qui se retrouve un jour pris au piège dans le monde des démons. De plus, celui qui s'est autoproclamé comme son grand-père adoptif est le proviseur de sa nouvelle école ! Pour survivre, Iruma va devoir affronter un étudiant hautain qui le défie en duel, une fille introvertie et bien d'autres démons tous plus effrayants les uns que les autres ! Mais ce garçon au grand cœur va tenter de surmonter ces épreuves, notamment grâce à sa gentillesse qui désarçonne ses ennemis…

Nadja est une orpheline qui voit sa vie prendre un nouveau tournant lorsqu'à son treizième anniversaire elle reçoit de la part d'un mystérieux expéditeur un paquet contenant une robe de bal et un carnet, tous deux appartenant à sa mère. La seule chose que Nadja possède depuis qu'elle est arrivée à l'orphelinat est une broche qui avait, elle aussi, appartenu à sa mère. Un soir, alors qu'un incendie éclate à l'orphelinat, Nadja est poursuivie par deux hommes qui s’intéressent à sa broche. C'est alors qu'apparaît un mystérieux chevalier aux yeux bleus. Sauvant Nadja, il la confie à la compagnie Dandelion, une troupe d'artistes itinérante, dans laquelle l'orpheline deviendra danseuse. Nadja quitte l'Angleterre avec la compagnie afin de parcourir le monde pour retrouver sa mère toujours en vie.

Dans un avenir proche, lors de recherches sur un site babylonien, Delphius, un scientifique va commettre un acte terroriste en déclenchant un pouvoir inconnu jusqu'alors. Ce qu'on appellera "Twin X" provoqua un orage magnétique couvrant la planète d'un ciel opaque, bloquant ainsi toute source d'électricité.

Quelques années plus tard, les deux enfants du scientifique, Kiyoko et Tatsuya, vont se retrouver convoiter par deux groupes dont l'enjeu est l'avenir du monde, la Comptesse de Werdenberg et ses ados aux pouvoirs télékinésiques et le mystérieux Gilgamesh.

Arnold est un prince mollasson que tout l'empire ridiculise en le qualifiant d' « insipide ». En réalité, il est le prince le plus puissant du royaume. Il officie secrètement sous le nom de Silver, un aventurier de rang SS capable de manier une magie ancienne interdite ! À présent, il s'intéresse à l'accession au trône et se sent prêt à sortir de l'ombre...