Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.

Yachi Haruaki, un jeune lycéen, reçoit un Cube Noir de la part de son père actuellement en voyage. Cette nuit-là, Yachi fut réveillé par d'étranges bruits provenant de la cuisine où il y fera la rencontre d'une voleuse entièrement nue mangeant des biscuits. Cette voleuse est la forme humaine du Cube Noir « maudit » au doux nom de Fear. Ensemble, ils vont essayer de lever la malédiction et lutter contre d'autres objets maléfiques voulant utiliser Fear pour de noirs desseins.

Au pays de Clow, la princesse Sakura, amoureuse du jeune Shaolan, succombe à un mal mystérieux qui brise son âme en mille éclats, éparpillés dans de multiples mondes parallèles. La vie de Sakura dépend désormais de Shaolan. Afin de la sauver, ce dernier pactise avec la mystérieuse Yuko, qui pourrait bien l'aider à retrouver les éclats d'âme…

Mitsuha est une lycéenne, la fille du maire d'une petite ville nichée entre les montagnes. Vivant avec sa petite sœur et sa grand-mère, c'est une demoiselle franche qui n'hésite pas à dire qu'elle n'a pas envie de participer aux rituels shinto, ou d'aider son père dans ses campagnes électorales. En fait, elle rêve de pouvoir quitter cette ville où elle s'ennuie, pour partir tenter sa chance à la capitale. Taki est un lycéen, un tokyoïte qui travaille à mi-temps dans un restaurant italien, tout en aspirant à des études d'architecture ou dans les Beaux-Arts. Chaque nuit, il fait un rêve étrange, où il devient… une lycéenne campagnarde, vivant dans une petite ville entre les montagnes. Quel secret se cache derrière ces rêves mutuels, qui unissent ces deux êtres qui ne se sont jamais rencontrés ?