Il y a des années, la soudaine apparition des Gadolls, une forme de vie inconnue, a bien failli conduire à l'extinction du genre humain. Pour se protéger de la menace, les survivants ont trouvé refuge dans la forteresse mobile Deca-Dence, haute de 3 000 mètres. Deux sortes d'habitants existent : les Gears, des guerriers luttant nuit et jour contre les Gadolls, et les Tankers, des humains sans capacité à combattre. Natsume est une jeune Tanker qui entretient le rêve de devenir une Gear. Un jour, elle rencontre Kaburagi, un réparateur froid et brusque.

Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…