Un an avant le début des aventures d’Aqua et Kazuma, Megumin, en tant que plus grand génie du clan Crimson Magic, consacre chaque instant de sa vie à la poursuite de la plus puissante magie offensive du monde : l’Explosion ! Profitant de l’absence de sa grande sœur, probablement trop occupée à voler la nourriture de Yunyun, Komekko pars en excursion dans les bois et y découvre un mystérieux chaton noir. Ce qu’elle est bien loin d’imaginer, c’est que cette petite boule de poils joue en réalité un rôle majeur dans l’ouverture du tombeau d’un dieu maléfique !

Neo-Tokyo, Japon, 2020. Sahashi Minato, étudiant de 19 ans vient de rater pour la seconde fois son examen d’entrée à l’université. Alors qu’il rentre chez lui, il rencontre Musubi, charmante jeune fille littéralement tombée du ciel. Celle-ci, attaquée par deux autre jeunes femmes aux pouvoirs surnaturels, est à la recherche de son Ashikabi. En effet Musubi est une Sekirei qui veut participer à un tournoi secret organisé par une étrange multinationale, la MBI, où doivent s’affronter 108 Sekirei et leur Ashikabi. Musubi ne pouvait trouver meilleur partenaire que Minato…

Un jeune lycéen, Yuuji Sakai, voit le monde se figer autour de lui alors qu'il rentrait tranquillement de l'école. Apparaissent alors 2 monstres dévorant les gens, comme suspendus dans le temps, autour de Yuuji. Alors que le monstre s'intéresse à cet humain qui peut encore se déplacer, une jeune fille à l'aura de feu, une Flame haze, apparaît et tranche la Rinne, ainsi que Yuuji. Celui-ci découvre alors qu'il est déjà décédé et a été remplacé par une torche, une âme temporaire de substitution. L'amie qui l'accompagnait, Hirai, se révèle avoir été remplacée par une torche à la fin de ce combat. Celle-ci sombre peu à peu dans l'oubli collectif puis disparaît au bout de quelques jours, Shana ayant assisté à son évaporation récupéra un peu de sa flamme et prit sa place dans le monde des humains, depuis ses camarades de classe l'appelent Hirai sans avoir remarqué quelque différence avec la précédente Hirai. Paradoxalement, l'existence de Yuuji persiste. Shana, la Flame haze, doit alors veiller sur lui malgré son ennui car il s'agit d'un Mistes, renfermant un pouvoir puissant, un hougu du nom de Reiji Maigo, lui permettant de rallumer sa torche toutes les 24 heures, à minuit. De ce fait, son intégration à la classe de Yuuji l'aide fortement à être à ses côtés en permanence, elle se révèle également très intelligente et terrorise certains de ses professeurs. Yuuji, désormais certain de ne plus disparaître, décide de l'aider activement dans sa lutte contre les Tomogara no Guze, seigneurs d'un monde parallèle dont une partie utilise la force vitale des humains pour gagner en pouvoir.