Roger Smith, est un négociateur professionnel travaillant à Paradygm City, une ville sans passé depuis quarante ans. Roger Smith vit donc dans ce monde chaotique. Ancien lieutenant de la police militaire, il est l'homme le plus puissant de cette confrérie très spéciale : les Négociateurs. Avec l'aide d'une androïde, Dorothy, et de son vieil ami Dan Dastun, il use notamment de divers moyens technologiques. Mais son atout le plus précieux est sans aucun doute le MegaDeus, un robot géant, servant de dernier recours au cas où les négociations tourneraient mal…

L'histoire est centrée sur trois jeunes lycéens qui vivent dans la petite ville reculée de Suiten, au nord de l'île de Kyushu, et qui partagent une étrange amnésie. En 1996, Tarō Komori et sa sœur Mizuka ont été enlevés à la sortie de l'école alors qu'ils étaient enfants. Si Tarō a pu être retrouvé vivant, Mizuka n'a pas eu cette chance et est morte de faim et de déshydratation, la police retrouvant finalement leur trace dans un hôpital abandonné. Toujours perturbé par cette douloureuse expérience onze ans plus tard, Tarō cherche cependant à comprendre ce qui s'est passé pendant qu'il était séquestré. Il semble également que deux élèves (Masayuki et Makoto) de son école et une jeune écolière (Miyako) soient liés à lui pour différentes raisons. À la suite d'un accident, la frontière entre le monde des esprits et celui des humains commence à disparaître, ouvrant la voie aux fantômes et autres divinités. Les trois garçons partageront alors ensemble une expérience hors du commun : la projection astrale qui leur permet de « sortir de leur corps ». Une nouvelle vision du monde où les esprits vagabondent s'ouvre ainsi à eux. Mais parviendront-ils à rétablir le fragile équilibre ?

L'histoire se déroule quelque part dans les années 2020, onze ans après l'introduction des visières et lunettes de Réalité Augmentée (RA). Yūko Okonogi déménage avec sa famille à la ville de Daikoku, le centre technologique du monde mi-virtuel mi-réel. Elle rejoint l'« agence d'enquête » de sa grand-mère, formé d'enfants équipés d'outils virtuels et metatags puissants. Elle croise peu après Yūko Amasawa, une hacker experte de l'environnement virtuel qui cherche les pouvoirs d'une entité virtuelle mystérieuse appelée Michiko. Les protagonistes sont menés à démêler les mystères du monde virtuel dans l'ombre d'un hacker très puissant étant passé avant eux.

Dans un futur post-apocalyptique, une créature difforme s’éveille d’un long sommeil et s’échappe du laboratoire secret de Romdo, une cité-dôme sombre qui abrite humains et AutoReivs (des robots) dans une harmonie apparemment parfaite. Un « paradis » isolé où les résidents sont invités à consommer et à jeter sans modération et où le crime n’existe pas, grâce au contrôle presque absolu des autorités. Étant la petite fille du régent de Romdo, Re-l Mayer n’en semble pas moins hostile à ce système. En tant qu’inspectrice des Renseignements, elle est chargée d’enquêter sur un mystérieux meurtre, perpétré par un AutoReiv infecté par le virus cogito. Elle est également l’agent de probation de Vincent Law, un jeune immigrant engagé au traitement des AutoReivs infectés. Entraînée dans une spirale d’évènements hors du commun, elle va tout faire pour tenter de découvrir la vérité…