Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans...

Dans les années 1960, le Japon connaît une forte croissance et les logements font défaut. De vastes programmes de construction sont lancés, destinés à transformer les campagnes en villes nouvelles, en particulier la haute vallée de la Tama, à l'ouest de Tokyo. Dans les bois à la périphérie de Tokyo vivent les tanuki. Ce sont à la fois des animaux réels et des animaux mythiques assimilés aux kitsune. La destruction quotidienne de leur espace vital inquiète les tanuki. Ils décident de s'unir et d'enrayer la progression nuisible des travaux en se transformant en divers objets pour garder leur campagne dans laquelle ils vivent…