Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

Se réveillant dans l’au-delà sans le moindre souvenir de sa vie antérieure, un adolescent rencontre un groupe de lycéens qui luttent contre un système qui semble vouloir les faire disparaître. Persuadés que la réincarnation efface leur existence, leur opposition se cristallise autour de l’« Ange », une élève représentant l’ordre établi. Tandis que le jeune garçon tente de comprendre les règles de ce monde, il se retrouve progressivement confronté aux blessures que ses nouveaux camarades essaient de dissimuler.

Afin de fuir son ancienne vie, Yugo Hachiken décide de s'inscrire au lycée agricole Ohezo, situé sur l'île d'Hokkaïdo. L'établissement est réputé et offre un excellent cadre de vie mais il y a cependant un problème : Yugo n'est absolument pas issu du milieu agricole ! De ce fait, il ne savait pas vraiment dans quoi il s'engageait avant de venir au lycée.

Cependant, et avec le temps, il finira par s'acclimater à son nouveau style de vie, et découvrira les difficultés et les joies du métier d'éleveur.

Quand Iori Kitahara part pour l‘université, il décide de s’installer dans la boutique de plongée de son oncle à Izu, Grand Blue. Iori a hâte de vivre la vie d’étudiant parmi le grondement des vagues, le soleil brûlant, et sa cousine qui vit avec lui. Mais Iori tombe sur un groupe de gros bras amateurs de parties de strip pierre-papier-ciseaux, et intègre le club de plongée de la fac, Peek-a-Boo.