Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi.

Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi.

Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire.

Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…

Nozomu Toshiki est un professeur de lycée très pessimiste dont même les kanji de son nom forment le mot désespoir. C'est en tentant de se suicider en se pendant à une branche de cerisier qu'il rencontre Kafuka Fura, une jeune fille au caractère totalement opposé au sien. Celle-ci, le "sauve" en quelque sorte et lui explique qu'il ne faut pas se suicider en un si beau jour de printemps. D'une naïveté et d'un optimisme débordant elle croit même que, comme ses parents, Nozomu n'a pas tenté de se pendre mais plutôt de se faire grandir et lui donne le nom de "Sous-chef Rose". Exaspéré par cette fille au point de vue si différent du sien, Nozomu s'en va, renonçant pour un temps à se suicider mais il n'est pas au bout de ses surprises car c'est en classe qu'il retrouve Kafuka qui se révèle être une de ses élèves. Mais Kafuka n'est pas si différente de ses camarades, et le professeur désespéré va devoir faire cours à des élèves très spéciaux...