Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Intelligent et doté d'une grande imagination, il a pour ami Frank, une créature que lui seul peut voir et entendre. Lorsque Donnie survit par miracle à un accident, Frank lui propose un étrange marché. La fin du monde approche et ce dernier doit accomplir sa destinée. Des événements bizarres surviennent dans la petite ville tranquille, mais Donnie sait que derrière tout cela se cachent d'inavouables secrets. Frank l'aidera à les mettre à jour, semant ainsi le trouble au sein de la communauté.

Une soucoupe volante atterrit en pleine nuit près de Los Angeles. Quelques extraterrestres, envoyés sur Terre en mission d’exploration botanique, sortent de l’engin, mais un des leurs s’aventure au-delà de la clairière où se trouve la navette. Celui-ci se dirige alors vers la ville. C’est sa première découverte de la civilisation humaine. Bientôt traquée par des militaires et abandonnée par les siens, cette petite créature apeurée se nommant E.T. se réfugie dans une résidence de banlieue. Elliot, un garçon de dix ans, le découvre et lui construit un abri dans son armoire. Rapprochés par un échange télépathique, les deux êtres ne tardent pas à devenir amis. Aidé par sa sœur Gertie et son frère aîné Michael, Elliot va alors tenter de garder la présence d'E.T. secrète.