Aussi farfelu qu’absurde, « Nichijou » s’attache à suivre les péripéties quotidiennes de six personnages haut en couleur au sein de la ville de Tokisadame. Ainsi, le quotidien du trio de lycéennes Yûko Aioi, Mio Naganohara et Mai Minakami se retrouve inextricablement lié à celui de la talentueuse scientifique Hakase Shinonome, accompagnée de son robot Nano et de leur chat Sakamoto, doué de parole.

Un tremblement spatial massif dévaste le centre du continent eurasien, ôtant la vie à plus de 150 millions de personnes. 30 ans plus tard, un nouveau tremblement spatial se produit, sous les yeux d’Itsuka Shidô, un simple lycéen pas très doué en histoires de cœur. Il fait alors la rencontre d’une jeune fille qui s’avère être un esprit. Elle est un désastre qui menace l'humanité, un monstre d'origine inconnue, une existence rejetée par le monde. Pour s'en défaire, deux solutions : recourir à la force ou à la séduction. Shidô choisira la deuxième option. Entrez dans une nouvelle ère de drague !