L'histoire commence dans un bâtiment désert par une nuit noire. Une charmante demoiselle, Rin Asogi, est poursuivie avec acharnement par une tueuse féroce. Celle-ci parvient à la faire tomber du toit et le corps de Rin s'écrase en morceau sur le sol.

On retrouve Rin dans une agence de détective privé avec son assistante Mimi qui lui demande de prendre au sérieux son travail et de partir à la recherche du chat égaré d'un client. Alors que Rin est sur le point de le retrouver, ce bête chat ayant été responsable d'un carambolage, elle croise par hasard et sauve Maeno Koki, un jeune homme sur le point d'être enlevé par la mafia. Celui-ci lui fera part de son étrange malaise : il a le sentiment que tout ce qu'il entoure, tout ce qu'il vit est faux et que ses souvenirs ont été fabriqués tellement ils lui semblent artificiels.

Lent fait partie du groupe « Skypiercers ». Grâce à son don unique, il peut prêter une importante quantité de magie à ses partenaires. Cependant, il est viré du jour au lendemain du groupe par ses compagnons, tous devenus puissants grâce à son talent, ne le jugeant désormais plus utile au groupe.

Furieux, Lent est bien décidé à récupérer jusqu'à la dernière goutte de magie qu'il a prêté à ses anciens compagnons, avec les intérêts, grâce au pouvoir caché de son don.

Trois lycéennes, Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki et Fû Hououji, se rencontrent pour la première fois lorsqu’un événement mystique vient bouleverser leur réalité. Une voix féminine, accompagnée d’un flash de lumière, les implore de sauver le Royaume de Cefiro, menacé par une force obscure. Propulsées dans un monde fantastique, elles découvrent qu’elles sont les légendaires « Magic Knights », invoquées par la princesse Émeraude afin de restaurer la paix et l’harmonie à Cefiro.

Guidées par Clef, un mystérieux mentor, elles apprennent qu’elles ne pourront rentrer chez elles qu’après avoir accompli leur destinée. Pour y parvenir, elles doivent libérer la princesse Émeraude des griffes du redoutable grand prêtre Zagato et affronter les créatures maléfiques qui envahissent le royaume. Coincées, Hikaru, Umi et Fû acceptent la mission qui leur est confiée et reçoivent chacune une armure ainsi que des pouvoirs magiques pour mener à bien cette périlleuse quête…

Hotori Arashiyama est une fille maladroite adorant les mystères et sachant s'attirer des ennuis. Elle travaille à temps partiel dans un café-maid situé dans un quartier commerçant. Néanmoins, mis à part Sanada, admirateur secret et camarade de classe d'Arashiyama, le café a du mal à attirer les clients . Un jour, Tatsuno, une amie d’Arashiyama, est invitée au café et décide d’y travailler au vu de la situation déplorable, mais aussi à cause des sentiments qu’elle éprouve pour Sanada.

Le grand sage Ephtal meurt désespéré après avoir échoué à atteindre les sommets de la magie. Mais 400 ans plus tard, il renaît avec tous ses souvenirs et ses pouvoirs intacts ! Dans un monde où la magie est en déclin et où les sorts anciens sont considérés comme des miracles, Ephtal fait irruption dans une prestigieuse académie de magie pour rétablir le véritable art de la sorcellerie.

Nagase Junichi vit avec sa soeur Minato dans une maison laissée vide par des parents trop occupés par leur métier d'aventuriers. Peut être par atavisme, il s'est forgé une terrible réputation auprès des élèves des autres écoles au point d'etre surnommé "Genokiller". Aussi, lorsqu'il vole au secours de la charmante Katagiri Yuuhi, ses adversaires déguerpissent sans combattre.

Cette dernière, immédiatement tombée sous le charme de notre bad boy, est la nouvelle élève transférée dans l'école que fréquente Junichi. En effet désireuse de rencontrer son futur mari désigné par son père, elle s'est inscrite dans cette école. Ironie du sort, elle se retrouve dans la classe de notre héros. Suite à quelques quiproquos, les deux jeunes gens vont se retrouver fiancés! Pour le meilleur ou pour le pire ?

Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi.

Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi.

Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire.

Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…