Hotori Arashiyama est une fille maladroite adorant les mystères et sachant s'attirer des ennuis. Elle travaille à temps partiel dans un café-maid situé dans un quartier commerçant. Néanmoins, mis à part Sanada, admirateur secret et camarade de classe d'Arashiyama, le café a du mal à attirer les clients . Un jour, Tatsuno, une amie d’Arashiyama, est invitée au café et décide d’y travailler au vu de la situation déplorable, mais aussi à cause des sentiments qu’elle éprouve pour Sanada.

Le grand sage Ephtal meurt désespéré après avoir échoué à atteindre les sommets de la magie. Mais 400 ans plus tard, il renaît avec tous ses souvenirs et ses pouvoirs intacts ! Dans un monde où la magie est en déclin et où les sorts anciens sont considérés comme des miracles, Ephtal fait irruption dans une prestigieuse académie de magie pour rétablir le véritable art de la sorcellerie.

Nagase Junichi vit avec sa soeur Minato dans une maison laissée vide par des parents trop occupés par leur métier d'aventuriers. Peut être par atavisme, il s'est forgé une terrible réputation auprès des élèves des autres écoles au point d'etre surnommé "Genokiller". Aussi, lorsqu'il vole au secours de la charmante Katagiri Yuuhi, ses adversaires déguerpissent sans combattre.

Cette dernière, immédiatement tombée sous le charme de notre bad boy, est la nouvelle élève transférée dans l'école que fréquente Junichi. En effet désireuse de rencontrer son futur mari désigné par son père, elle s'est inscrite dans cette école. Ironie du sort, elle se retrouve dans la classe de notre héros. Suite à quelques quiproquos, les deux jeunes gens vont se retrouver fiancés! Pour le meilleur ou pour le pire ?

Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi.

Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi.

Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire.

Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…