Dans un futur proche où les humains ont été vaincus par des parasites viraux nommés Gastrea, les derniers survivants se sont exilés sur un petit territoire où ils vivent dans le désespoir le plus complet et la terreur.

Dans ce monde prisonnier des ténèbres, Rentaro, un garçon vivant à proximité de Tokyo est membre de la « sécurité civile » une organisation spécialisée dans le combat contre les Gastrea, est habitué à accomplir des tâches dangereuses. Sa partenaire est Enju, une jeune fille précoce. Ils combattent grâce à leurs pouvoirs bien particuliers jusqu'à ce qu'un jour, ils reçoivent une mission spéciale du gouvernement. Cette mission top secrète est de prévenir la destruction de Tokyo…

La Terre est dévastée à la suite d'un conflit qui a eu lieu il y plusieurs centaines d'années.

Les pillards et la violence règnent sur le désert du Grand Kanto.

Hana et ses deux enfants, Ame et Yuki, vivent discrètement dans un coin tranquille de la ville. Leur vie est simple et joyeuse, mais ils cachent un secret : leur père est un homme‐loup. Quand celui‐ci disparaît brutalement, Hana décide de quitter la ville pour élever ses enfants à l’abri des regards. Ils emménagent dans un village proche d’une forêt luxuriante…

Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du « Puppet Master », un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles…