Aux confins de l'espace, la planète Ursinia a explosé. Pour une raison mystérieuse, tous les ours vivant sur Terre se sont subitement mis à attaquer les humains. Pour mettre fin à ce conflit, un mur gigantesque a été élevé afin de séparer les deux espèces. Nous sommes du côté « humain » du mur. Une jeune fille, Kureha Tsubaki, fait la connaissance de Ginko Yurishiro, une nouvelle camarade de classe. Cependant, le sommeil de Kureha est agité d'étranges rêves dans lesquels Ginko se révèle être un ours. Dès lors, elle commence à se méfier de cette nouvelle élève...

Hideki Motosuwa est un jeune étudiant qui vient de la campagne et qui monte à Tokyo pour préparer son examen d'entrée à l'université pour laquelle il a été recalé. Un soir, il trouve dans une poubelle un Persocon, une sorte d'ordinateur personnel qui a une allure parfaitement humaine. En l'occurrence, il s'agit d'un persocon avec le physique d'une très jolie jeune fille, sans aucun programme d'installé, donc complètement vierge (attention jeu de mot).

Hideki va donc apprendre à Chii (c'est le nom du persocon : le premier mot qu'elle parvient à prononcer naturellement suite à son activation) progressivement à se comporter comme un humain... Jusqu'où cette relation va-t-elle aller ?

Dans une réalité parallèle où la population masculine est presque décimée, certains hommes sont choisis comme concubins de la shogun dans un pavillon interdit.

Mai-HiME nous raconte l'histoire de Mai Tokiha, une jeune fille de quinze ans (née un 22 juillet) se voyant conviée à la prestigieuse académie Fūka. Titulaire d’une bourse d’étude accordée dans de mystérieuses circonstances, Mai se retrouve emportée malgré elle dans une lutte dont elle ignorait jusqu’alors l'existence et la finalité.

Aidée, et parfois trahie par ses nouvelles amies, troublée par certains et toujours inquiète pour la santé fragile de son jeune frère Takumi, la jeune héroïne réalise progressivement que sa présence au sein de la communauté des HiME n’est pas le jeu du hasard.

En effet, Mai se révèle être une HiME (Highly-advanced Materializing Equipment), c'est-à-dire une personne capable de matérialiser des objets qui n'existent préalablement pas. De ce fait, Mai est capable de créer des rayons et des boules de feu à la portée destructrice. Elle peut également invoquer son enfant (Child dans la version originale) Kagutsuchi, qui met généralement un terme au combat.

Durant l'épisode 25, Natsuki Kuga dit à ce propos : « Child. Un être anormal né de l’affection que l’on porte à celui qu’on aime. Plus l’affection est forte, plus le Child l’est aussi. »

Il existe douze autres HiME qui, au fil des épisodes, révèlent à leur tour leurs capacités.

Dans une forêt paisible, un dragon cracheur de feu, élevé par une mère chat, grandit en rejetant les humains mais en chérissant les félins qui l'ont accueilli. Surnommé « Oncle Plume », il veille sur les chats aux dix couleurs, chacun suivant son propre chemin : un aventurier aux côtés d'un prince, un gardien d'herbe à chat, un maître de magie…

Clannad présente la vie d'un jeune lycéen, Tomoya Okazaki , qui s'avère être un recalé, également vu par les autres comme un délinquant. Plutôt lassé de sa vie, ses journées s'avèrent être trop monotones, rien qui ne relève le défi de l'intéresser. Il espère donc voir sa vie changer un jour, et fait ainsi la rencontre de Nagisa Furukawa, étudiante dans le même lycée que lui, et qui semble plus mystérieuse qu'elle ne paraît. Ce dernier commence à faire des rêves étranges, peut-être liés à cette rencontre, et ne cesse de rencontrer une à une des filles ayant chacune des personnalités particulières. C'est ainsi que la vie de Tomoya sera bouleversée comme il ne l'aurait jamais imaginé !