Kenzo Tenma est un médecin japonais travaillant en Allemagne. En 1986, il décide de sauver la vie d'un jeune garçon, désobéissant ainsi aux ordres de son directeur qui lui demandait de sauver en priorité celle du maire de la ville. Quelques jours plus tard, le directeur et deux autres responsables de l'hôpital sont empoisonnés.

Neuf ans sont passées, en 1995, un événement similaire se produit et oblige Tenma à fuir. Sa fuite et sa quête de justice vont l'amener à découvrir une horrible vérité. Le jeune garçon qu'il avait sauvé dix plus tôt est en fait un véritable monstre : un être brillant, beau, mais avant tout un terrifiant tueur...

Tetsuo, un adolescent ayant vécu une enfance difficile, est la victime d'expériences visant à développer les capacités psychiques qui dorment en chacun de nous. Ainsi doté d'une puissance que lui-même ne peut imaginer, Tetsuo décide de partir en guerre contre le monde qui l'a opprimé. Dès lors, il se retrouve au cœur d'une légende populaire qui annonce le retour prochain d'Akira, un enfant aux pouvoirs extraordinaires censé délivrer Tokyo du chaos ...