À la mort de ses parents, Utena Tenjô se voit offrir une bague ornée d’un sceau en forme de rose par un mystérieux jeune homme. Profondément marquée par cette rencontre, cette dernière, désormais animée par un idéal chevaleresque, décide de se grimer en garçon pour suivre ses traces. Des années plus tard, alors qu’elle intègre l’Académie Ôtori, elle se retrouve mêlée malgré elle à une série de duels énigmatiques où le vainqueur remporte la main d’Anthy, la « Fiancée de la Rose ». Dès lors, Utena découvre l’existence d’une société secrète dont les intentions pourraient bien mener à l’Apocalypse…

Kenzo Tenma est un médecin japonais travaillant en Allemagne. En 1986, il décide de sauver la vie d'un jeune garçon, désobéissant ainsi aux ordres de son directeur qui lui demandait de sauver en priorité celle du maire de la ville. Quelques jours plus tard, le directeur et deux autres responsables de l'hôpital sont empoisonnés.

Neuf ans sont passées, en 1995, un événement similaire se produit et oblige Tenma à fuir. Sa fuite et sa quête de justice vont l'amener à découvrir une horrible vérité. Le jeune garçon qu'il avait sauvé dix plus tôt est en fait un véritable monstre : un être brillant, beau, mais avant tout un terrifiant tueur...

Tetsuo, un adolescent ayant vécu une enfance difficile, est la victime d'expériences visant à développer les capacités psychiques qui dorment en chacun de nous. Ainsi doté d'une puissance que lui-même ne peut imaginer, Tetsuo décide de partir en guerre contre le monde qui l'a opprimé. Dès lors, il se retrouve au cœur d'une légende populaire qui annonce le retour prochain d'Akira, un enfant aux pouvoirs extraordinaires censé délivrer Tokyo du chaos ...