Tatsumi Oga est un délinquant et étudiant au collège d'Ishiyama. Il est surnommé « L'homme sans pitié » ou « Oga le Fou furieux » par les autres élèves. Un jour, il voit un homme flottant sur un fleuve et décide de le ramener à la rive, et, à sa grande surprise, le corps de cet homme se sépare en deux. En sort un bébé aux cheveux verts, qui se trouve être le fils du Roi des Démons, Kaiser des Emperana Beelzebub IV, surnommé Baby Beel. Oga apprend ainsi qu'il a été choisi pour être son parent et doit donc élever le bébé jusqu'à ce que celui-ci soit en âge de détruire l'humanité. C'est la servante et « mère » du bébé, Hildegarde, qui, venant à sa rencontre pour tenter de reprendre le bébé, le lui révèle après avoir vu que Baby Beel ne voulait pas le lâcher.

Hilda lui dit qu'il est lié par un contrat avec Beel et l'informe qu'il mourra s'ils sont séparés de plus de 15 mètres. Ne voulant pas assumer sa charge paternelle et ses responsabilités, Oga cherche à donner Baby Beel à quelqu'un d'autre, ce qu'il peut faire si cette personne est plus forte et plus mauvaise que lui. Baby Beel s'attachera alors à cette personne au lieu d'Oga. Ainsi commence l'histoire de Tatsumi Oga, « père » du futur Roi des Démons et réceptacle de ses pouvoirs.

Automne 2007, un mois avant le festival du lycée, Haruki Kitahara voit se décomposer le club de musique dans lequel il était guitariste remplaçant. Comme un chant du cygne, il entame un dernier morceau à la guitare. À ses dernières notes se mêlent alors celles du piano de la salle voisine, puis une voix féminine mélodieuse.

L'histoire nous entraîne dans un monde où certains enfants, durant la puberté, développent des pouvoirs spéciaux. Yū Otosaka est un étudiant de première année, banal, et tout ce qu'il y a de plus normal mais… seulement en apparence car en effet, il est l'un de ces adolescents à posséder des pouvoirs, appelés ESPers. Son pouvoir lui permet de prendre possession de n'importe quel corps de son choix pendant cinq secondes.

Il va par la suite faire la mystérieuse rencontre de Nao Tomori, présidente du Bureau des Élèves de l'académie Hoshi-no-Umi qui le mènera à la révélation du sort qui attend tous les détenteurs de ces capacités spéciales…

Pendant ses vacances chez sa grand-mère, près de la mer intérieure du Japon, Nagasumi se fait emporter par les flots et ne doit son salut qu'à une sirène qui vient le sortir de ce mauvais pas. En retour, celle-ci lui demande de se fiancer avec elle. La rencontre entre les familles des deux jeunes gens risque d'être explosive, puisque les parents de la jeune San sont les chefs d'une famille de yakuzas !

Tout se déroule en 1999 dans une école privée japonaise assez réputée mais hantée par des phénomènes plus étranges les uns que les autres. Suite au décès de son père, Maya,la jeune fille du principale intègre cette école en question. L'histoire se poursuis donc par l'apparition soudaine d'un jeune homme très étrange nommé Uchida qui ce dernier à remonté le temps à partir de 2012.