Gon est un jeune garçon intrépide et aventureux qui vit chez sa tante Mito. Son rêve : devenir un Hunter, comme son père. Les Hunters forment une caste à part. Ce sont des personnes qui ont dédié toute leur existence à la recherche d'espèces rares, de mets inconnus, de territoires inexplorés ou encore de trésors enfouis. Mais pour en faire partie, Gon va devoir passer un examen particulièrement difficile truffé d'épreuves plus dangereuses les unes que les autres. Heureusement, il pourra compter sur son ingéniosité et sur son courage, ainsi que sur trois compagnons qu'il rencontre au cours de l'examen : Leorio, Kurapika et Killua. Ensemble, ils comptent bien triompher de tous les obstacles et obtenir l'un des trésors les plus convoités de la planète : la carte de Hunter !

Tatsumi Oga est un délinquant et étudiant au collège d'Ishiyama. Il est surnommé « L'homme sans pitié » ou « Oga le Fou furieux » par les autres élèves. Un jour, il voit un homme flottant sur un fleuve et décide de le ramener à la rive, et, à sa grande surprise, le corps de cet homme se sépare en deux. En sort un bébé aux cheveux verts, qui se trouve être le fils du Roi des Démons, Kaiser des Emperana Beelzebub IV, surnommé Baby Beel. Oga apprend ainsi qu'il a été choisi pour être son parent et doit donc élever le bébé jusqu'à ce que celui-ci soit en âge de détruire l'humanité. C'est la servante et « mère » du bébé, Hildegarde, qui, venant à sa rencontre pour tenter de reprendre le bébé, le lui révèle après avoir vu que Baby Beel ne voulait pas le lâcher.

Hilda lui dit qu'il est lié par un contrat avec Beel et l'informe qu'il mourra s'ils sont séparés de plus de 15 mètres. Ne voulant pas assumer sa charge paternelle et ses responsabilités, Oga cherche à donner Baby Beel à quelqu'un d'autre, ce qu'il peut faire si cette personne est plus forte et plus mauvaise que lui. Baby Beel s'attachera alors à cette personne au lieu d'Oga. Ainsi commence l'histoire de Tatsumi Oga, « père » du futur Roi des Démons et réceptacle de ses pouvoirs.

Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…

Tout se déroule en 1999 dans une école privée japonaise assez réputée mais hantée par des phénomènes plus étranges les uns que les autres. Suite au décès de son père, Maya,la jeune fille du principale intègre cette école en question. L'histoire se poursuis donc par l'apparition soudaine d'un jeune homme très étrange nommé Uchida qui ce dernier à remonté le temps à partir de 2012.