Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…

Tout se déroule en 1999 dans une école privée japonaise assez réputée mais hantée par des phénomènes plus étranges les uns que les autres. Suite au décès de son père, Maya,la jeune fille du principale intègre cette école en question. L'histoire se poursuis donc par l'apparition soudaine d'un jeune homme très étrange nommé Uchida qui ce dernier à remonté le temps à partir de 2012.