Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

La guerre civile de Kei est achevée et Yoko ne sait quel châtiment infliger aux traîtres. Elle s’en va demander conseil à son ami de toujours, Shoryu, le roi d'En. Ce dernier lui raconte alors sa propre histoire.

Seul, abandonné par ses conseillers et délaissé de son peuple, comment Shoryu allait-il parvenir à sauver le royaume d'En du chaos ?

Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…