Edward Elric et son frère Alphonse Elric sont de jeunes Alchimistes. En tentant de ramener leur mère à la vie, ils ont payé un lourd tribut, et ils tentent désormais de récupérer ce qu'ils ont perdu. Pour cela, Edward est devenu Alchimiste d'État : le Fullmetal Alchemist.

Mais au cours de leurs recherches, bien des épreuves attendent les deux frères et des êtres étranges : les Homonculus, les poursuivent.