New York, de nos jours. Alors que sa mère est kidnappée par d'étranges créatures, Clary, 15 ans, est témoin d'un meurtre commis lors d'une soirée. Elle est terrifiée lorsque le corps de la victime disparait mystérieusement devant ses yeux... Elle découvre alors l'existence d'un monde obscur et parallèle et y fait la rencontre de Jace, un chasseur de vampires. Lorsqu'ils se retrouvent au milieu d'une guerre entre des forces démoniaques et la société secrète des chasseurs d'ombres, Jace lui viendra en aide. Elle jouera alors dans cette aventure un rôle qu'elle ne soupçonne pas.

Après des années de croisade en Terre sainte, le templier Behmen et son fidèle compagnon, Felson, reviennent en Europe, désabusés. Alors qu'ils aspirent à une vie paisible, ils découvrent leur pays ravagé par la peste noire et se retrouvent appréhendés par les hommes du Cardinal. Accusés d'avoir déserté, ils risquent la prison. Ils n'ont pas d'autre choix que d'accepter une étrange mission. Ils doivent escorter une mystérieuse jeune femme, désignée comme une sorcière responsable de l'épidémie, jusqu'à un lointain monastère où elle sera jugée et où sera pratiqué un ancestral rituel purificateur…