Chihiro, 10 ans, a tout d’une petite fille capricieuse. Elle s’apprête à emménager avec ses parents dans une nouvelle demeure. Sur la route, la petite famille se retrouve face à un immense bâtiment rouge au centre duquel s’ouvre un long tunnel. De l’autre côté du passage se dresse une ville fantôme. Les parents découvrent dans un restaurant désert de nombreux mets succulents et ne tardent pas à se jeter dessus. Ils se retrouvent alors transformés en cochons. Prise de panique, Chihiro s’enfuit et se dématérialise progressivement. L’énigmatique Haku se charge de lui expliquer le fonctionnement de l’univers dans lequel elle vient de pénétrer. Pour sauver ses parents, la fillette va devoir faire face à la terrible sorcière Yubaba, qui arbore les traits d’une harpie méphistophélique.

Takao, un jeune lycéen qui souhaite devenir cordonnier, sèche les cours et se rend dans un jardin japonais où il s’entraîne à dessiner des chaussures. Il y fait la rencontre de Yukino, une étrange jeune femme qui ne vient dans le jardin que les jours de pluie. Alors qu’ils deviennent de plus en plus proches, la saison des pluies touche à sa fin…

Nishimiya est une élève douce et attentionnée. Chaque jour, elle est harcelée par Ishida, car elle est sourde. Dénoncé pour son comportement, le garçon est à son tour mis à l’écart et renvoyé de l’école… Des années plus tard, il apprend la langue des signes… et part à la recherche de la jeune fille.