Dans un monde où la nature est hostile à l’Homme, Nausicaä – princesse de la Vallée du Vent – se bat pour protéger son village. Mais la guerre des hommes frappe à leur porte. Les vestiges d’une humanité industrielle menacent l’équilibre entre les rescapés humains du grand cataclysme et les insectes, protecteurs de la forêt toxique.

Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du « Puppet Master », un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles…